Мемориальные залы церковного музея посвящены личности и созидательной роли Патриарха Никона в создании Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря.

В этих залах в 1874 году был открыт один из первых церковных музеев России – музей Патриарха Никона, созданный настоятелем монастыря, церковным историком и археографом архимандритом Леонидом (Кавелиным) (1822–1891).

В экспозиции показана жизнь и деятельность Патриарха Никона, его труды по созданию Нового Иерусалима с частичным воссозданием исторической планировки «Музея Патриарха Никона» XIX века.

Посетители экспозиции  могут увидеть подлинник Антиминса XVII века,  Гефсиманскую плащаницу XIX века, современный список иконы «Спас на престоле с припадающими Святителем Филиппом и Патриархом Никоном», копию Храма Гроба Господня в Иерусалиме, копию вериг Патриарха Никона и многие другие экспонаты.